結論としてましては、全てアップロードする必要はございません。
ですが、同タイトルのものは上書き更新が走ってしまうため、以下がおすすめの運用方法になります。
※ csvアップロードに削除機能は備わっていないため、削除したいデータは管理画面より削除してください